Растительность северной части большого о. Панайтан (12 тыс. га) представлена мангровыми зарослями и баррингтонией (Barringtonia). На сухих участках—светлые парковые леса или саванны с деревьями Ardisia и высокими травами императы, дикого сахарного тростника, редко стоящими один от другого деревьями мясистоголова (Sarco-cephalus sp.). На более влажных участках—осоковые луга. Остальная территория острова покрыта высокоствольным лесом с листопадными деревьями: понгомия, гуиторда, спондия и стеркулия, которая вырастает до огромных размеров с чрезвычайно высокими подпорками.

На самом полуострове Уджунг-Кулон большое разнообразие ландшафтов: леса, саванны, луговые пространства и болота. На Уджунг-Кулоне—последние остатки первобытных яванских низинных лесов. На юго-западе они начинаются сразу же от скалистых берегов. В подлеске много пальм. Чем дальше от берега, тем выше деревья. Над прочей растительностью господствуют огромные деревья Planchonia valida. На южном побережье—заросли панданусов местами до 20 м высотой.

На перешейке — болотистые долины, множество небольших речек и ручейков. Вдоль берега встречаются мангровые леса. На открытых луговых участках господствуют многолетники — императа. По северному берегу и на уступах, поднимающихся над широкими песчаными пляжами или каменистыми береговыми обрывами,— казау-ринии. На южных берегах — заросли панданусов. Остальная территория резервата занята двух-трехъярусными лесами. Господствуют гигантские фикусы и терминалии. Второй ярус обычно составляют различные виды пальм (корифа, аренга). В подлеске—бамбуки, гигантские папоротники. Все это перевито лианами. Много эпифитов; они — как пышные корзины, расставленные на развилках деревьев. В этих лесах почти нет лесной подстилки: листья, ветви, стволы и другой опад мгновенно уничтожаются термитами, так что почва остается голой. В центральной части гряды холмов лес изрежен, много колючих кустарников. Есть и участки своеобразных саванн, где среди травянистых равнин разбросаны пальмы корифа или парковое травянистое редколесье с лагеротремией. Вообще флора потрясающе богата. В пределах резервата известно около 4 тыс. видов деревьев, кустарников и лиан.